《与暗同行》并不是一款复杂的剧情类游戏，它的游戏体量并不能跟那些超大型的3a大作相提并论。
之所以采用碎片化剧情的方式，本身也是一种投机取巧。
不过游戏的剧情关键是要和玩法搭配起来，从这个角度来说，碎片化剧情也确实是《与暗同行》能采用的最好的剧情模式。
游戏的故事发生在一个虚构的城市中，这座城市在十多年前因为不明原因爆发出瘟疫，大量的丧尸出现，整座城市很快失去了控制。
不过好在外界及时将城市的交通切断，并封锁起来，神秘的丧尸瘟疫才没有进一步传播。
而后，外界并没有直接选择将这座城市用核弹摧毁，而是出于种种其他原因考虑，开始在城市外修建高墙，又不断地制造云层，将这座城市变成了一座黑暗的牢笼。
城市中所有的幸存者，自然也就这么被放弃了。
而后，外界开始不断地向城市中投放机械猎杀者，猎杀一切还能动的生物，不管是幸存者还是丧尸，抓到之后就直接扔到底层的垃圾山中。
玩家扮演的主角在垃圾山中醒来，不记得自己到底经历过什么，为了求生，只能不断地往上爬。
在无线电中听到的那个声音，其实是城市中某个实验室的研究员。随着剧情的推进，玩家可以通过无线电与这个研究员联络，获知城市中一些实验室的位置，以及各种器材的使用方法。
之前救助猫猫时，也是受到了这名研究员的帮助。
随着剧情的推进，玩家不断向上，也向着研究员所在的区域不断前进。而在此过程中，玩家从研究员口中得知，原来城市中的丧尸瘟疫并不是自然产生的，而是外界的大人物们通过一家生物公司，用一种特殊的植物孢子研究出的病毒。
只不过病毒意外泄露，让事情朝着不受控制的方向发展。
这也解释了为什么外面的人控制不住病毒的传播，却能果断封锁城市、让病毒的影响只局限在城市内；为什么外面的人没有选择用核弹把城市毁掉，而是花费更多的资金建设高墙、投放猎杀者。
因为对于外界高层来说，他们早在病毒泄露的第一时间就已经知道了。
如果他们提前采取措施，或许能控制住病毒在城市内的传播，但这样未卜先知的行为一定会被发现，并引发怀疑。
到时候“人工研发病毒”一旦被揭露，必然引发轩然大波。
所以，他们故意选择在丧尸病毒在城市爆发开来，才假装采取紧急措施封锁了城市。一方面让自己不被怀疑，另一方面又将损失维持在“可控范围之内”。
而之所以没有选择使用核弹，是因为他们还想回收城市中实验室的数据、病毒原型和治疗血清。
这些实验室一直在继续进行病毒的培养、研究，而那些猎杀者们在清除丧尸之余，真实任务其实是采集丧尸身上的基因标本，提交到实验室中，辅助分析研究。
只不过外界想要取回病毒原型、治疗血清和研究数据的尝试，也都失败了。
因为整座城市已经彻底被丧尸所占据，机械猎杀者的数量有限，丧尸的生命力又过于顽强，根本不可能全部杀光。
机械猎杀者的体型庞大，而且是专门为战斗研发的机器，顶多提取丧尸的基因标本，但想要进入深层实验室、找到特定接口导出实验数据、并从冷库中取出冷藏的病毒标本和血清，却是根本做不到的。
这些都只能由人来完成。
外界倒是也陆陆续续地派遣了不少行动队，但这些荷枪实弹的士兵们很快也都被丧尸群所淹没，没有任何一队能够成功。
所以，玩家扮演的主角就是唯一有希望完成这一任务，取得病毒数据、病毒原型、血清等一系列物证的关键人物。
到这里为止，玩家们基本也都猜到了主角的真实身份。
其实他就是一个特殊的变异丧尸。
跟其他的丧尸不同，主角保持了作为人类的理智和情感，只不过在丧失了全部的记忆之后，严格来说他已经不是原来的人类，而是一个借用了原本人类皮囊的特殊病毒。
所以主角才有强大的恢复能力，而且从高处摔下来也不会死。
这位研究员激动地说道，主角才是这种病毒最完美的状态，这也是病毒研究的理想：实现人类生命形态的进化。
在见到主角之前，研究员希望有人能够拿着这些资料到外界，向全世界揭露这座城市中事件的真相。
但在见到主角这个完美样本之后，他改变了主意。
这个研究员认为，可以拿着这些资料去要挟那些进行病毒研究的大人物，用真相和完美样本实验数据作为筹码，换取这辈子都花不完的巨额财富。
当然，这么做的前提是必须重新返回到中层和上层交界处的实验室，获取病毒原型、血清和研究资料。
此时，玩家所控制的主角将面临不同的选择。
第一个选择是，将这些东西交给研究员。
研究员会跟外界联络，并向那些大人物们提出条件。但很快，特别行动小组赶到，将研究员当场射杀。这些荷枪实弹的特种士兵继续抓捕主角。
如果玩家未能成功逃脱，那么就会触发“核平结局”。在回去的直升飞机上，主角爆发出力量攻击驾驶员导致坠机，所有的资料、病毒原型和血清全都被毁，主角也在爆炸中死亡。
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