为了掩护金刚号，比叡和雾岛二舰陆续遭到重创。
下午六点三十九分，比叡已经被先后击中7发305毫米炮弹、19发155毫米炮弹、108发75毫米炮弹，舰体严重受损，多处燃起大火，难以扑灭。
最终大火烧穿了后甲板弹药库，引发殉爆，整个舰体后部三分之一被炸毁，海水大量倒灌，于六点四十二分沉没。
雾岛号也好不到哪去，先后被击中4发305毫米炮弹、28发155毫米炮弹、110发75毫米炮弹，舰体伤痕累累，人员死伤过半，不过所幸大火都被及时扑灭，还可以继续战斗，掩护金刚号撤离。
铁甲舰理论上只能被同等级的铁甲舰击沉，但即便如此，想要击沉一艘铁甲舰也很困难，尤其对方根本不跟你对打，而是一味逃跑的话，想要击沉对方更加困难。
眼看着天黑了，可见度越来越差，已经有日本海军护卫舰赶来增援了。
在日本沿海附近，同样部署着一些水镭，当致远舰不小心触镭后，陈少毅果断的停止了追击。
如果为了打沉金刚号和比叡号，而牺牲致远舰，那是不划算的，天知道继续追击下去会不会再触镭，陈少毅见好就收，已经取得了大胜，没必要再冒险了。
致远舰被拖到附近一处礁盘搁浅抢修，其他战舰负责警戒。而陈少毅则率领定远、镇远和靖远三舰返航到扶桑号附近，愤怒的将扶桑号击沉。
经过一夜抢修，第二天天明时分，致远舰终于修复了被水镭炸开的大洞，重新被其他战舰拖拽离开。
陈少毅率领舰队返航，途中其他八艘巡航舰陆续赶来汇合，海圻号和海岱号成功击沉了逃跑的秋津洲号，自身的损伤也修复了大半。
第二天傍晚，中国海军主力抵达山东威海卫海军基地，致远舰和一部分受伤的战舰在这里维修，另一部分则返回自己的母港海军基地进行维修。
李卫国抵达天津时，战报已经送到了紫禁城，有专人急速转呈到天津交给李卫国御览。
看到捷报，李卫国心中非常高兴，这是他有预谋的一次海军作战计划，算计日本海军联合舰队，结果取得成功。
根据陈少毅的战报，中日东海海战，击沉日本海军联合舰队的旗舰扶桑号和比叡号两艘万吨级铁甲舰，重创金刚号铁甲舰，打残雾岛号铁甲舰，击沉巡航舰筑磨、羽黑、秋津洲和三隅四舰，击沉总吨位41800，预测至少造成五千日本海军官兵阵亡，基本上摧毁了日本联合舰队主力。
而中国海军只付出11名战士阵亡，71人受伤的微弱代价，至于战舰并无战沉，致远舰触镭、海圻舰、海岱舰、海岳三舰遭到重创，详细情况陈少毅并没有报告，李卫国也没有追问，但要论功行赏，他金口一开，立刻赏赐给海军100万人民币作为奖励，具体如何分配，则交给海军部自行处理。
中日东海大战落下帷幕，消息迅速传开，中国老百姓对此反应并不激烈，因为在他们眼中，日本不过一个小国，中国海军打败日本海军是必须的必然的结果，远没有去年打败英国亚洲舰队时那么兴高采烈。
但随着消息传遍全世界，却引起了全世界的高度关注。
这是因为中日东海海战爆发时，日本全权特使正在英国伦敦，同英国政府进行结盟的最后谈判，英日双方在当天下午正式对外宣布英日结盟，结果宣布不到一个小时，就传来日本联合舰队战败的消息。
这是赤果果的在打英国和日本的脸啊！
中国海军选择的时间之巧妙，不得不让全世界各国政府敬佩。
英国政府很纠结，本杰明在被记者追问对此事的看法的时候，脸憋得通红，他很清楚英中战争刚刚才结束没多久，英国海军还没有喘过气来，这个时候绝对不能因为日本而再跟中国开战。可是英日刚刚结盟，日本联合舰队就几乎被中国海军全歼，这让英国跟日本结盟的初衷，利用日本海军牵制中国海军的战略目的就失去了作用，但还不能不照顾日本的情绪。
于是，最终本杰明只好宣称中日东海海战爆发时，英中并未正式结盟，所以英国不能履行盟约跟中国开战。
英国人选择了暂时屈服，可是日本方面就怨声沸腾了。
日本联合舰队惨败的消息传回东京，日本天皇迅速召开会议，调查原因和追究责任，并且通过驻华领事向中国理藩院提出严正抗议。
对于日本领事的抗议，中国理藩院义正言辞的回复他们，是日本海军试图攻击中国护驾舰队，意图劫持中国皇帝，最终导致的中日海军东海大战。中国政府不但没有任何责任，反而向日本下达最后通牒，要求日本严惩战争罪犯，并对中国海军的战舰和人员损失进行赔偿。
日本领事原本在对华外交上就很弱势，如今联合舰队几乎全灭，更加没有底气对抗中国了。
消息传回日本，明治天皇感到被羞辱和愤怒，他一方面督促日本驻华领事进行外交辩论，另一方面则展开内部调查。
西乡隆盛在军事法庭上一改常态，坚称他只是率领联合舰队在西海进行军事演习，并无拦截中国护驾舰队劫持中国皇帝的打算，完全是中国海军主动攻击，日本海军被迫自卫防御，最终打不过中国海军，战败而回。
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